La renuncia del subsecretario Rafael Araos destapó una crisis interna en el Ministerio de Ciencia que tiene como origen una instrucción recibida en La Moneda: diseñar un plan de desvinculaciones masivas que afectaría a cerca de 48 funcionarios, aproximadamente un tercio de la dotación de la cartera. El episodio, que involucró al jefe del Segundo Piso, Alejandro Irarrázaval, derivó en un enfrentamiento directo entre la ministra Ximena Lincolao y Araos, quien se negó a ejecutar los despidos por considerarlos sin fundamentos técnicos ni jurídicos claros. Según reconstrucción de fuentes conocedoras, el conflicto escaló tras una reunión en La Moneda donde se explicitó la necesidad de reducir gastos ante las presiones de ajuste fiscal de Hacienda. Araos comentó que solo se habían concretado dos desvinculaciones, respuesta considerada insuficiente. La instrucción fue tajante: elaborar un plan para sacar a 48 personas. Al regresar al ministerio, Lincolao convocó a una reunión extraordinaria con su equipo directivo y le pidió a Araos que repitiera frente a todos lo ocurrido. “Me dieron la instrucción de echar 48 personas, y yo no lo voy a hacer y por eso renuncié”, habría respondido el exsubsecretario, según testigos. El quiebre dejó expuesta una disputa política y administrativa que venía escalando desde hace semanas.
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