La investigación de CIPER reveló fallas, discrepancias y falta de coordinación en el manejo de la pandemia por parte del Ministerio de Salud de Chile. Se revisaron más de 72,000 correos electrónicos de altos funcionarios del Minsal, que revelaron discrepancias entre los registros internos de fallecidos y la información pública proporcionada. Además, se encontró evidencia de que algunas decisiones relevantes se tomaban sin la participación de expertos técnicos. La solicitud de acceso a los correos fue inicialmente negada, pero tras un fallo judicial, el Minsal accedió cederlos a CIPER. La entrega de los correos se realizó en junio de 2022 después de aplicar un software para censurar datos sensibles. La investigación también reveló episodios desconocidos, como asesorías de una empresa de lobby al Minsal y la práctica de cambiar los certificados de defunción. La recomendación de usar cloroquina en pacientes de COVID-19 generó discrepancias entre los equipos técnicos y las autoridades políticas. Los exministros Mañalich y Paris no respondieron preguntas, mientras que el exjefe de Epidemiología, Rafael Araos, dio algunas respuestas. La investigación destaca la falta de coordinación y el protagonismo de asesores del presidente Piñera en la toma de decisiones.
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